Historia
El 22 de noviembre de 1574 el piloto portugués al servicio de la Corona española, Juan Fernández, descubrió el archipiélago que hoy lleva su nombre. En esta expedición, el navegante descubrió una ruta más rápida entre Perú y Chile apartándose más de la cuenta de las costas continentales. A raíz de estas incursiones es probable que sea el primer europeo en llegar a Nueva Zelandia y de Australia.

Tras infructuosos intentos de colonización realizados por Juan Fernández y luego por los jesuítas, este conjunto de islas se convirtió durante los siglos XVII y XVIII en refugio de piratas y corsarios que asolaban las costas de la Indias Occidentales.

En 1643, interesado en la flora y fauna americana, Mauricio de Nassau envió una expedición encabezada por Hendrick Browver quien descubrió el sándalo de Juan Fernández.

En 1704 fondearon en este territorio insular los navíos corsarios británicos Cinque Ports y Saint George. El contramaestre de este último, tras pelear con su capitán fue abandonado en la isla sin más equipo que una biblia, un cuchillo, un fusil, una libra de pólvora, algo de tabaco y ropa. Su nombre era Alejandro Selkirk, de nacionalidad escocesa. Luego de permanecer cuatro años y cuatro meses fue rescatado por otra expedición corsaria inglesa al mando de Woodes Rogers. Su historia y diario de vida fue fuente de inspiración para la gran novela de Daniel Defoe "Las increíbles y sorprendentes aventuras de Robinson Crusoe"

La Isla del Tesoro
En 1741, el corsario inglés Lord Jorge Anson, con su escuadra se dirigió al Pacífico Sur, llegando tiempo después, con sólo tres naves y una disminuída tripulación al Archipiélago de Juan Fernández. En esta oportunidad bautizó a la bahía del poblado como Cumberland (Tierra de la Obstrucción). Luego de recuperarse se dispuso a atacar a las costas del Pacífico sin retornar a Cumberland. Investigaciones históricas indican que uno de los tesoros que se encuentran en los fondos subterráneos de esta isla podría haber sido enterrado por el mítico corsario inglés.

Los españoles decidieron fortificar la isla, fundando en 1750 el actual poblado de San Juan Bautista, el que se transformó en un presidio. La población civil, a causa de los desastres naturales y los crímenes cometidos por los delincuentes y las numerosas rebeliones, emigra al continente sucediéndose una serie de fundaciones y refundaciones de esta conflictiva colonia.

Hasta mediados del siglo XIX las islas fueron coto de caza ilegal e indiscriminada de lobos marinos por parte de loberos o skinners ingleses, franceses y estadounidenses. Entre 1788 y 1809, operaron con alrededor de 74 navíos, exterminando más de 5 millones de ejemplares, llevando la especie a su casi extinción. Actualmente, y gracias al proyecto de restauración y preservación de estos mamíferos, la Conaf, Corporación Nacional Forestal, ha recuperado considerablemente esta especie que, en un momento, se vió afectada por la mano del hombre.

La Guerra de la Independencia
En 1814, tras la derrota de Rancagua en la Guerra de la Independencia, ilustres patriotas chilenos fueron desterrados a Robinson, militares e intelectuales, como Manuel Blanco Encalada, Juan y Mariano Egaña, Manuel de Salas, José Ignacio Carrera Pinto y Luis Ovalle. Un incendio destruyó sus chozas, e hicieron unas cuevas en el cerro para mayor seguridad. Actualmente existen siete cuevas con unos cuatro metros de altura y diez de profundidad, que testimonian sus condiciones de vida.

Las islas fueron declaradas oficialmente como territorio chileno en 1819.

La historia de siete presidios isleños sólo culminó en 1930, con el cierre del penal agrícola de Selkirk.

Autorizado por el gobierno chileno, en 1877 se instala el barón suizo Alfredo de Rodt, militar del emperador Francisco José de Austria, quien invierte toda su fortuna en la explotación y colonización definitiva de las islas.Desde entonces una corriente inmigratoria del más diverso origen constituye la base de su población actual.

En 1891, el velero francés Telegrahp naufragó luego de un amotinamiento. Su único sobreviviente y pasajero, Desiderio Charpentier, de origen francés, hace de la isla su hogar y conoce a uno de los primeros colonos el Barón de Rodt, con quien se asocia, en especial en la explotación de la langosta que logra ser actualmente uno de los pilares de la economía del archipiélago.

En 1915, durante la Primera Guerra Mundial, fondea en Robinson el crucero alemán Dresden, último sobreviviente de la escuadra del célebre Von Spee que había sido destruída en las islas Malvinas. Tras una larga persecusión de tres meses, los cruceros ingleses Kent y Glasgow y el transporte armado Orama lo rodean en Cumberland. La batalla culminó con el hundimiento del Dresden por su propia tripulación.

A mediados del siglo XIX se iniciaron los viajes regulares de vapores hacia la isla y, tiempo después se inicia la extracción de la langosta.