Ecosistema
Los ecosistemas de islas remotas son en general frágiles y sensibles al contacto humano.

Desde su descubrimiento las islas se han visto sobreexplotadas, afectadas por incendios e invadidas por especies foráneas, un proceso ahora detenido con la toma de conciencia de sus habitantes y medidas que protegen este Parque, uno de los doce más amenazados del planeta. El Parque Nacional Archipiélago de Juan Fernández fue creado en 1935 y declarado por UNESCO en 1977 como Reserva Mundial de la Biósfera Representativa de la Polinesia del Sudeste. Esta categoría dada por la UICN se debe a los problemas de conservación que enfrentan los ecosistemas del archipiélago. Reflejo de ello es que el 78 % de la flora endémica se encuentra con algún grado de amenaza de extinción. De la superficie total del archipiélago, 9.967 ha., sólo 396, 4 ha. no pertenecen al Parque, uno de los cuatro más importantes de Chile.

Las cabras introducidas por el descubridor se reprodujeron en gran número. Conejos (30 por ha), gatos, ratones, zorzales y gorriones hacen peligrar la flora y aves nativas, sumándose a ello unas 200 especies vegetales introducidas. El maqui y la zarzamora son las más dañinas.

El sándalo, árbol de fragante madera fue extinguido por sobreexplotación.

La flora del Archipiélago posee una de las tasa de endemismo (exclusividad) más alta del mundo.
Existen 215 especies de flora nativa, siendo 130 de ellas endémicas de los ecosistemas insulares, es decir, el 60.5 % de la flora vascular se encuentra a nivel mundial sólo presente en estas islas.

Destacan doce géneros endémicos (11.2 %) e incluso una familia endémica de la Isla Robinson Crusoe ( familia monotípica lactoridaceae). Uno de los grupos vegetales son los helechos con 54 especies, algunas arbóreas o trepadoras, condición rara en el planeta.

La importancia de la vegetación del archipiélago se ha visto reflejada en la visita de eminentes científicos y naturalistas como Claudio Gay, Carlos Bertero, María Graham, R. Phillippi, Federico Johow y Carl Skottsberg entre otros. Ellos han demostrado la relevancia y fragilidad de este singular ecosistema insular.

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