El archipiélago de Chiloé es como un pequeño continente adosado al territorio chileno del cual es geográficamente muy distinto. Siendo la Isla Grande de Chiloé la segunda más grande de Sudamérica; después de la Tierra del Fuego, se separa del continente por el canal del Chacao y de la cordillera andina por un mar interior, extendiéndose por más de cien millas hacia el sur. La Isla Grande tiene una costa occidental abrupta e inhóspita, presentando a lo largo de su litoral el erosionado relieve de la milenaria cordillera de la costa.

 Esta cordillera, que no supera los mil metros, es drásticamente cortada por dos lagos, el Cucao y el Huillinco, y aunque más al sur vuelve a levantarse, no logra recobrar su unidad vertebral, cambiando también su nombre por el de cordillera de Piuchue en su sección norte y de Pirulil por el sur. Aparte de estos promontorios cubiertos de bosques impenetrables, el relieve de la Isla Grande es más suave que escabroso.  

La Isla Grande de Chiloé está separada del continente por un mar interior, seccionado por grupos de islas transversales alineadas de oriente a poniente. Forman este mar interior el seno del Reloncaví, el Golfo de Ancud y el Golfo del Corcovado.

Si bien hacia el occidente la isla enfrenta al temible océano Pacífico, hacia el oriente el relieve se despliega en forma de suaves colinas. Colinas que se transforman praderas, vegas y matorrales que se prolongan hasta las mismas aguas de los canales del mar interior. A lo largo de este litoral interior se dibuja un paisaje exhuberante de verdes de helechos, quiscales, pajonales, pangales y decenas de ensenadas y esteros.


.Las islas que conforman el archipiélago comienzan por el norte con la isla Cacahué y finalizan por el sur con la isla Talcán del grupo Desertores. Reunidas en cardúmenes forman grupos bien característicos y definidos: Por el norte, colindando con el Golfo de Ancud, emerge el grupo de las Chauques, integrado por las islas Cola, Buta, Chauques, Voigue, Tauculón, Mechuque, Añihué y otras de menor importancia. Un poco más al sur y casi en el centro de la isla Grande aparece un segundo grupo presidido por la gran isla Quinchao, y secundado por las islas Linín, Llingua, Teuquelín, Meulín, Tac, Quenac y Caguach.   
Al suroeste de la isla de Quinchao se ordena un tercer grupo, siendo la mayor isla, la de Lemuy, desplegándose hacia oriente el grupo con las islas Chelín, Quehui, Chaulinec, Alao y Apiao. Luego de este conjunto se presenta el grupo Desertores, integrado por las islas Chulín, Talcán, y numerosos islotes menores.

Aparte de estos cuatro grupos de islas habría que destacar el que se encuentra al sur de Queilén y en la entrada del estero de Compu, formado por las islas Tranqui, Acuy y Chaullín. Y finalmente el que protege el puerto de Quellón con sus islitas Caillín, Laitec y Codita. Si se suma la isla de San Pedro que se encuentra en el extremo sur de la isla grande, se obtiene un total de 23 islas de cierta importancia considerando superfiecie y población. Además hay que considerar una infinidad de islotes, casi todos habitados, los que duplican este número. Para completar este panorama geográfico, es necesario destacar la cortina continental andina, boscosa y pétrea que eleva sus cumbres nevadas, como el Calbuco, el Corcovado, el Hornopirén y otros volcanes, y que constituye el llamado Chiloé Continental.