Al amanecer del 21 de mayo desde la Covadonga se avistaron los humos de las naves peruanas. Condell informó de inmediato a Prat. Este se preocupó de que los hombres estuvieran alimentados. Preguntando a Condell. ¡A almorzado la gente! Viendo la desigualdad de las fuerzas, Prat se dirigió a la tripulación pronunciando la histórica arenga: "¡Muchachos: la contienda es desigual! Nunca se ha arriado nuestra bandera ante el enemigo y espero que esta no sea la ocasión de hacerlo. Mientras yo viva esa bandera flameará en su lugar y si muero mis oficiales sabrán cumplir con su deber."

Batiendo la gorra en el aire gritó: "¡Viva Chile!". A lo que la tripulación respondió "¡Viva!"

Los barcos chilenos fijaron posiciones: la Esmeralda se quedaría frente al puerto para enfrentar al Húascar, mientras que la Covadonga buscaría aguas menos profundas para hacer encallar a la Independencia.

La Esmeralda soportó el cañoneo que venía desde el Huascar y el fuego de fusilería que provenía de la costa. A pesar de la bajas producidas y de haber sido perforada por varios proyectiles, que habían causado gran mortandad, mantenía su fuego.

Entonces Prat ordenó alejar la nave de la costa debido a la mortandad que el fuego costero estaba produciendo en la marinería, pero al tratar de avanzar sus viejas calderas reventaron, dejando a la vieja corbeta a merced del Húascar.

A las 11.30 de la mañana Miguel Grau, comprendió que no tenía sentido prologar por más la masacre y con sus máquinas a todo vapor lanzó al monitor Huascar sobre la Esmeralda atravesándola con el espolón.

Al ver acercarse el acorazado, Prat hizo realidad su tesis de estudiante, que decía que el abordaje era la única forma de enfrentar un blindado en esas cirscuntancias. Su grito de: "¡Al abordaje muchachos!" se perdió en medio del ruido ensordecedor de la batalla. Empuñando su revólver en la mano izquierda y la espada en la derecha, Prat saltó desde la Esmeralda a la proa del Húascar, seguido solo por el sargento Juan de Dios Aldea que se encontraba cerca de él.

Al retirarse el Húascar, pudieron ver al capitán que avanzaba por la cubierta, hasta que una descarga de fusilería abatió a Prat, también cayó el sargento Aldea.

Tras la muerte del capitán Prat, la lucha continuó al mando del teniente Luis Uribe. Vino un segundo espolonazo y el teniente, Ignacio Serrano, logró saltar con 10 ó 12 hombres en otro intento de abordaje. Todos encontraron igual suerte que Prat.La Esmeralda en agonía, yacía inclinada con su cubierta llena de heridos y cadáveres.

Un tercer golpe de espolón derrumbó definitivamente la corbeta, que comenzó a hundirse de proa con todas sus banderas en lo alto. La tripulación que quedaba se lanzó al agua, mientras el guardiamarina Ernesto Riquelme, descargó a ras de agua un postrer cañonazo y la vieja nave terminó de hundirse en el océano. Eran las 12.10 horas.

Un silencio de sepulcro invadió la rada de Iquique, enmudeciendo a los participantes de la batalla. La vieja corbeta se había hundido con la bandera al tope y con su cargamento de héroes desparramados en cubierta. Los sobreviviente que flotaban en el agua fueron recogidos por Grau en el Huascar, que les proveyó de vestimenta y comida.

La Esmeralda perdió en combate 145 de un total de 199 hombres.

Los cadáveres de Prat y de los otros chilenos fueron colocados en la acera de una calle del puerto de Iquique. El ciudadano español Eduardo Llanos, en un gesto noble, les dio cristiana sepultura.

Prat y sus hombres descansan hoy, en una cripta del Monumento de las Glorias Navales en Valparaíso.

Grau guardó la espada y prendas que se encontraban en el cadáver de su heroico rival y se las envió a la viuda Carmela Carvajal de Prat, acompañadas de una hermosa carta.

Héroes de una epopeya